Сдача проекта: перед сдачей финального варианта вычищаю проект от неиспользованных файлов. Всегда передаю исходники через Collect Files (After effects и Premier Pro), чтобы всё оставалось на месте. В папку с проектом кладу все использованные материалы (шрифты, музыку, звуки, ассеты) с лицензионными файлами и ссылками, откуда они были скачаны. Сохраняю проекты в трёх разных версиях AE.

Понятные названия: все слои, нуль объекты, ассеты, эффекты, текстовые аниматоры и прекомпозы переименованы и сгруппированы по цветам.

Без плагинов: при необходимости могу решить задачи стандартными инструментами After Effects (где это возможно) и/или запечь ключи/выражения/эффекты, чтобы проект без проблем открылся на любой машине без ошибок.

Чистая структура: строгая иерархия папок в окне Project.

Плейсхолдеры: при необходимости могу использовать в проекте плейсхолдеры для текстов, изображений и видео и настроить (на базовом уровне) возможность менять текст, цвета.